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Anne Bergeron

Département d'informatique

Poste : Professeure

Courriel : bergeron.anne@uqam.ca

Téléphone : (514) 987-3000 poste 8214

Local : PK-4320

Domaines d'expertise

  • Algorithmique
  • Bioinformatique

Langues

  • Français
  • Anglais
  • Général
  • Enseignement et supervision
  • Publications
  • Communications
  • Réalisations
  • Distinctions
  • Services à la collectivité

Cheminement académique

Ph. D. Informatique, Université de Montréal, 1990.

Liens d’intérêt

Unités de recherche

  • Laboratoire de combinatoire et d'informatique mathématique (LACIM)

Projets de recherche en cours

  • Comparaison de communautés de bactériophages

Partenaires (organismes, entreprises)

  • LIRMM, Montpellier, France

Affiliations externes principales

  • Aucune donnée disponible pour cette section.

Prix et distinctions

  • Aucune donnée disponible pour cette section.

Publications

Ouangraoua, A., Swenson, K.M. et Bergeron, A. (2012). On the comparison of sets of alternative transcripts. Lecture Notes in Computer Science, 7292 LNBI, 201–212. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-30191-9_19.


Belcaid, M., Bergeron, A. et Poisson, G. (2011). The evolution of the tape measure protein: Units, duplications and losses. BMC Bioinformatics, 12(SUPPL. 9). http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-12-S9-S10.


Ouangraoua, A., Bergeron, A. et Swenson, K.M. (2011). Theory and practice of ultra-perfection. Journal of Computational Biology, 18(9), 1219–1230. http://dx.doi.org/10.1089/cmb.2011.0086.


Ouangraoua, A. et Bergeron, A. (2010). Combinatorial structure of genome rearrangements scenarios. Journal of Computational Biology, 17(9), 1129–1144. http://dx.doi.org/10.1089/cmb.2010.0126.


Belcaid, M., Bergeron, A. et Poisson, G. (2010). Mosaic graphs and comparative genomics in phage communities. Journal of Computational Biology, 17(9), 1315–1326. http://dx.doi.org/10.1089/cmb.2010.0108.


Bergeron, A., Medvedev, P. et Stoye, J. (2010). Rearrangement models and single-cut operations. Journal of Computational Biology, 17(9), 1213–1225. http://dx.doi.org/10.1089/cmb.2010.0091.


Ouangraoua, A., Bergeron, A. et Swenson, K.M. (2010). Ultra-perfect sorting scenarios. Lecture Notes in Computer Science, 6398 LNBI, 50–61. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-16181-0_5.


Bergeron, A., Mixtacki, J. et Stoye, J. (2009). A new linear time algorithm to compute the genomic distance via the double cut and join distance. Theoretical Computer Science, 410(51), 5300–5316. http://dx.doi.org/10.1016/j.tcs.2009.09.008.


Poisson, G., Belcaid, M. et Bergeron, A. (2009). Comparative genomics and extensive recombinations in phage communities. Lecture Notes in Computer Science, 5817 LNBI, 205–216. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-04744-2_17.


Ouangraoua, A. et Bergeron, A. (2009). Parking functions, labeled trees and DCJ sorting scenarios. Lecture Notes in Computer Science, 5817 LNBI, 24–35. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-642-04744-2_3.


Bergeron, A., Chauve, C., De Montgolfier, F. et Raffinot, M. (2008). Computing common intervals of K permutations, with applications to modular decomposition of graphs. SIAM Journal on Discrete Mathematics, 22(3), 1022–1039. http://dx.doi.org/10.1137/060651331.


Lacroix, V., Sammeth, M., Guigo, R. et Bergeron, A. (2008). Exact transcriptome reconstruction from short sequence reads. Lecture Notes in Computer Science, 5251 LNBI, 50–63. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-540-87361-7_5.


Bergeron, A., Mixtacki, J. et Stoye, J. (2008). HP distance via double cut and join distance. Lecture Notes in Computer Science, 5029 LNCS, 56–68. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-540-69068-9_8.


Tannier, E., Bergeron, A. et Sagot, M.-F. (2007). Advances on sorting by reversals. Discrete Applied Mathematics, 155(6-7), 881–888. http://dx.doi.org/10.1016/j.dam.2005.02.033.


Bergeron, A., Belcaid, M., Steward, G.F. et Poisson, G. (2007). Divide and conquer: Enriching environmental sequencing data. PLoS ONE, 2(9), Art. No.: e830. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0000830.


Poisson, G., Chauve, C., Chen, X. et Bergeron, A. (2007). FragAnchor: A Large-Scale Predictor of Glycosylphosphatidylinositol Anchors in Eukaryote Protein Sequences by Qualitative Scoring. Genomics, Proteomics and Bioinformatics, 5(2), 121–130. http://dx.doi.org/10.1016/S1672-0229(07)60022-9.


Bérard, S., Bergeron, A., Chauve, C. et Paul, C. (2007). Perfect sorting by reversals is not always difficult. IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 4(1), 4–16. http://dx.doi.org/10.1109/TCBB.2007.1011.


Bergeron, A., Mixtacki, J. et Stoye, J. (2006). A unifying view of genome rearrangements. Lecture Notes in Computer Science, 4175 LNBI, 163–173.

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Bergeron, A., Mixtacki, J. et Stoye, J. (2006). On sorting by translocations. Journal of Computational Biology, 13(2), 567–578. http://dx.doi.org/10.1089/cmb.2006.13.567.


Bergeron, A. et Stoye, J. (2006). On the similarity of sets of permutations and its applications to genome comparison. Journal of Computational Biology, 13(7), 1340–1354. http://dx.doi.org/10.1089/cmb.2006.13.1340.


Houde, M., Belcaid, M., Ouellet, F., et al. (2006). Wheat EST resources for functional genomics of abiotic stress. BMC Genomics, 7. http://dx.doi.org/10.1186/1471-2164-7-149.


Bergeron, A. (2005). A very elementary presentation of the Hannenhalli-Pevzner theory. Discrete Applied Mathematics, 146(2), 134–145. http://dx.doi.org/10.1016/j.dam.2004.04.010.


Pasek, S., Bergeron, A., Risler, J.-L., Louis, A., Ollivier, E. et Raffinot, M. (2005). Identification of genomic features using microsyntenies of domains: Domain teams. Genome Research, 15(6), 867–874. http://dx.doi.org/10.1101/gr.3638405.


Bérard, S., Bergeron, A., Chauve, C. et Paul, C. (2005). Perfect sorting by reversals is not always difficult. Lecture Notes in Computer Science, 3692 LNBI, 228–238.

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Béal, M.-P., Bergeron, A., Corteel, S. et Raffinot, M. (2004). An algorithmic view of gene teams. Theoretical Computer Science, 320(2-3), 395–418. http://dx.doi.org/10.1016/j.tcs.2004.02.036.


Bergeron, A. et Hamel, S. (2004). From cascade decompositions to bit-vector algorithms. Theoretical Computer Science, 313(1), 3–16. http://dx.doi.org/10.1016/j.tcs.2003.10.010.


Bergeron, A., Blanchette, M., Chateau, A. et Chauve, C. (2004). Reconstructing ancestral gene orders using conserved intervals. Lecture Notes in Computer Science, 3240, 14–25.

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Bergeron, A., Mixtacki, J. et Stoye, J. (2004). Reversal distance without hurdles and fortresses. Lecture Notes in Computer Science, 3109, 388–399.

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Luc, N., Risler, J.-L., Bergeron, A. et Raffinot, M. (2003). Gene teams: A new formalization of gene clusters for comparative genomics. Computational Biology and Chemistry, 27(1), 59–67. http://dx.doi.org/10.1016/S1476-9271(02)00097-X.


Bergeron, A. et Stoye, J. (2003). On the similarity of sets of permutations and its applications to genome comparison. Lecture Notes in Computer Science, 2697, 68–79.

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Bergeron, A., Heber, S. et Stoye, J. (2002). Common intervals and sorting by reversals: A marriage of necessity. Bioinformatics, 18(SUPPL. 2), S54–S63.

Openurl imagette


Bergeron, A. et Hamel, S. (2002). Vector algorithms for approximate string matching. International Journal of Foundations of Computer Science, 13(1), 53–65. http://dx.doi.org/10.1142/S0129054102000947.


Bergeron, A., Geanta, P. et Bergeron, D. (1999). The death factors: a combinatorial analysis. In silico biology, 1(3), 147–158.

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Bergeron, A., Gaul, E. et Bergeron, D. (1997). Combinatorial tools for the analysis of transcriptional regulation. Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing, 62–73.

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Bergeron, A. (1997). On the rational behaviors of concurrent timers. Theoretical Computer Science, 189(1-2), 229–237.

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Bergeron, A. (1995). Sharing out control in distributed processes. Theoretical Computer Science, 139(1-2), 163–186.

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Bergeron, A., Chauve, C. et Gingras, Y. (2007). Formal Models of Gene Clusters. Bioinformatics Algorithms: Techniques and Applications (p. 175–202). John Wiley & Sons, Inc. http://dx.doi.org/10.1002/9780470253441.ch8.


Bergeron, A., Mixtacki, J. et Stoye, J. (2008). On computing the breakpoint reuse rate in rearrangement scenarios. Lecture Notes in Computer Science, 5267 LNBI, 226–240. http://dx.doi.org/10.1007/978-3-540-87989-3_17.


Belcaid, M., Bergeron, A., Chateau, A., et al. (2007). Exploring genome rearrangements using virtual hybridization. Dans Series on Advances in Bioinformatics and Computational Biology, 5.


Bérard, S., Bergeron, A. et Chauve, C. (2005). Conservation of combinatorial structures in evolution scenarios. Dans Lagergren J. (dir.). Lecture Notes in Bioinformatics (Subseries of Lecture Notes in Computer Science), 3388.


Bergeron, A. (1995). Control and design of distributed systems. Dans Canadian Conference on Electrical and Computer Engineering, 2.


Cours

Direction (Depuis 1990) et d’essais doctoraux (depuis 2014)

  • Poisson, Guylaine. (2004). Analyse de motifs protéiques par méthode hybride Réseau de neurones artificiels et modèle de Markov caché. (Thèse de doctorat). Université du Québec à Montréal.

  • Hamel, Sylvie. (2002). Algorithmes vectoriels et bioinformatique. (Thèse de doctorat). Université du Québec à Montréal.

  • Lavoie-Mongrain, Philippe. (2014). Reconstruction des ancêtres de séquences partageant leur histoire duplicative. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal. Récupéré d’Archipel, l’archive de publications électroniques de l’UQAM. http://www.archipel.uqam.ca/6677.

  • Massoulier, Nicolas. (2013). Recherche d'unités de mesure dans les protéines ruban à mesurer. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal. Récupéré d’Archipel, l’archive de publications électroniques de l’UQAM. http://www.archipel.uqam.ca/6373.

  • Rwirangira, Jacqueline. (2008). Scénarios de tri pour permutations signées. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal. Récupéré d’Archipel, l’archive de publications électroniques de l’UQAM. http://www.archipel.uqam.ca/1394.

  • Morency-Bachand, Étienne. (2007). Développement d'un module d'assistance au jumelage dans le cadre de la réingéniérie du logiciel de gestion de registres de population : analypop. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal. Récupéré d’Archipel, l’archive de publications électroniques de l’UQAM. http://www.archipel.uqam.ca/677.

  • Belcaid, Mahdi. (2006). Utilisation des EST dans la génération d'une nouvelle ressource bioinformatique spécifique à la tolérance du blé au froid. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal. Récupéré d’Archipel, l’archive de publications électroniques de l’UQAM. http://www.archipel.uqam.ca/2802.

  • Levasseur, André. (2006). Un nouvel algorithme pour le calcul des générateurs des intervalles communs de K permutations. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal. Récupéré d’Archipel, l’archive de publications électroniques de l’UQAM. http://www.archipel.uqam.ca/3228.

  • Beaulne, Simon. (2005). Outils informatiques pour l'intégration de données protéomiques. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal.

  • Lambert, Jacques. (2001). Développement d'un système informatique pour la gestion des interactions biomoléculaires. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal.

  • CATALANO, RICCARDO. (1999). ANALYSE DU COMPORTEMENT SIMULTANE DE N MINUTERIES. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal.

  • MANZONI, JEAN-CHRISTOPHE. (1998). DETECTION ET RESOLUTION D'INTERACTIONS DANS LES SERVICES DE COURRIEL. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal.

  • Beaulieu, Marie-Chantal. (1998). LANGAGES RATIONNELS ET PROBABILITES DISCRETES. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal.

  • ROY-BOULARD, ANNE-MARIE. (1998). SYNTHESE AUTOMATIQUE DE SYSTEMES TEMPS-REEL. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal.

  • Gaul, Éric. (1997). ALGORITHMES POUR LA CLASSIFICATION FONCTIONNELLE DES PROTEINES PAR DOMAINES DE LIAISON. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal.

Autres directions et supervisions

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Communications

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Réalisations

  • Aucune donnée disponible pour cette section.

Participation à l'édition d'une revue

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Services à la collectivité

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