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Abdoulaye Baniré Diallo

Département d'informatique

Poste : Professeur

Courriel : diallo.abdoulaye@uqam.ca

Téléphone : (514) 987-3000 poste 3914

Local : PK-4535

Domaines d'expertise

Ce professeur désire s'entretenir avec les médias

  • Bioinformatique et biologie computationnelle,
  • Apprentissage Machine et Flux de données bioinformatiques
  • Calcul haute performance en bioinformatique
  • Prédiction de microARN
  • Génomique comparée, phylogénie et reconstruction de génomes ancestraux

Langues

  • Français
  • Anglais
  • Général
  • Enseignement et supervision
  • Publications
  • Communications
  • Réalisations
  • Distinctions
  • Services à la collectivité

Cheminement académique

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Liens d’intérêt

Unités de recherche

  • Centre de recherche sur la conception, les mécanismes d'action et la vectorisation des médicaments (PharmaQAM)
  • Groupe de recherche en biochimie du développement et de l'adaptation des plantes

Projets de recherche en cours

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Partenaires (organismes, entreprises)

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Affiliations externes principales

Publications

  • Chapitre de livre

    2. Makarenkov, V., Boc, A., Diallo Al. Bo. and Diallo Ab. Ba (2008): Algorithms for detecting complete and partial horizontal gene transfers: Theory and practice, in Data Mining and Mathematical Programming,P.M. Pardalos and P. Hansen eds., CRM Proc. and AMS Lecture Notes, 45, 159-179.
    1. Blanchette, M., Diallo, A. B., Green, E. D., Miller, W. and Haussler, D. (2007): Computational reconstruction of ancestral DNA sequences. Chapter 11 of the book : Methods in Molecular Biology: Phylogenomics. Edited by W.J. Murphy, Humana Press Inc. Totowa, NJ, 171-184.

  • Articles scientifiques

    8. Lord, E., Leclercq, M., Boc, A., Diallo, A.B., Makarenkov, V. (2012) : Armadillo, an elegant workflow platform for bioinformatics education and task automation. PLOS One, 7(1):e299032011.
    7. Horvath, J., Sheedy, C. Merrett, S, Diallo, A.B., Swofford, D., NISC, Green, E.D., Willard, H (2011): Comparative analysis of the primate X inactivation Center Region and Reconstruction of the Ancestral Primate XIST Locus. Genome Research, 21(6):850-862.
    6. Sadri, J., Diallo, A.B. and Blanchette, M. (2011) : Predicting site-specific human selective pressure using evolutionary signatures. Bioinformatics, 27(13):i266-i274.
    5. Badescu, D. Boc, A., Diallo, A.B. and Makarenkov, V. (2011): Detecting genomic regions associated with a disease using variability functions and Adjusted Rand Index. BMC-Bioinformatics, 12(9) doi:10.1186/1471-2105-12-S9-S9.
    4. Diallo, A.B., Blanchette, M. and Makarenkov, V. (2010): Ancestors 1.0: A web server for ancestral Genome reconstruction. Bioinformatics, 26(1), 130-131.
    3. Diallo, A.B., Badescu, D., Blanchette, M. and Makarenkov, V. (2009): A whole genome study and identification of specific carcinogenic regions of the Human Papilloma Viruses. Journal of Computational Biology, 16 (10), 1461-73.
    2. Diallo, A. B., Makarenkov, V., and Blanchette, M. (2007): Exact and heuristic method to the indels maximum likelihood problem. Journal of Computational Biology. 14 (4), 446-461.
    1. Diallo, A. B., Makarenkov, V. and Lapointe, F.-J. (2006): A new effective method for estimation of missing values in the sequence data prior to phylogenetic analysis. Evolutionary Bioinformatics Online. 2, 127-135.

  • Autres publications

    14. Badescu, D., Diallo, A.B., Makarenkov, V. and Blanchette, M. (2010) Identification of specific genomic regions responsible of the invasivity of Neisseria meningitidis. Actes de l'International Federation of Classification Societies 2009, Dresden, Germany, Springer-verlag, 491-507.
    13. Diallo, A.B., Valtchev, P., Makarenkov, V. (2010) Une approche efficace d'identification et de catégorisation de nouveaux motifs d'évolution dans la famille de mammifère. Actes de la Société Francophone de classification, Réunion, 2010, 30-33.
    12. Diallo, A.B., Badescu, D., Blanchette, M. and Makarenkov, V. (2009), Classification of the Human Papilloma Viruses, proceedings of SFC-CLADAG 2008, Springer Verlag, 8 pages.
    11. Diallo, A.B., Badescu, D., Makarenkov, V. and Blanchette, M. (2009) : Comparison of four discrimination functions for detecting genomic regions responsible for disease and their application to the Neisseria meningitidis data. International Federation of Classification Societies 2009, Dresden, Germany, Springer-verlag, (accepted for publication).
    10. Diallo, A.B., Badescu, D., Makarenkov, V. and Blanchette, M. (2008): An Evolutionary study of the Human Papilloma Viruses. Research in Computational Biology-Comparative Genomics (Recomb-CG). LNBI 5267, 128-140.
    9. Diallo, A.B., Badescu, D., Makarenkov, V. and Blanchette, M. (2008): Phylogeny of the Human Papilloma Viruses and Carcinome classi¿cation. Proceeding of the ¿rst joint meeting of the Classi¿cation and Data analysis Group and the French Classi¿cation Society, Caserta, Italy, 285-288.
    8. Nguyen, D., Boc, A., Diallo, A. B. and Makarenkov, V. (2007): Étude de la classification des bactériophages. Proc. of the 13th meeting of the Société Francophone de Classification. 161-165.
    7. Diallo, A. B., Makarenkov, V., and Blanchette, M. (2006): Finding Maximum Likelihood Indel Scenarios. Comparative Genomics, LNCS, 4205, Springer Verlag, 171-185.
    6. Diallo, A. B., Makarenkov, V., Blanchette, M. and Lapointe, F.-J. (2006): A new efficient method for assessing missing nucleotides in DNA sequences in the framework of a generic evolutionary model. Proceedings of the meeting of the International Federation of Classification Societies 2006, Data Science and Classification. eds Batagelj, V., Bock, H.H., Ferligoj, A., Ziberna, A., Springer Verlag, Ljublijana, 333-340.
    5. Diallo, Ab. Ba., Diallo, Al. Bo. and Makarenkov, V. (2005): Une nouvelle méthode efficace pour l'estimation des données manquantes en vue de l'inférence phylogénétique. Proceeding of the 12th meeting of Société Francophone de Classification. Montréal, Canada, 121-125.
    4. Diallo, A. B., Makarenkov, V., Boc, A. and Lapointe, F.J. (2004) : Une nouvelle méthode efficace pour l'estimation des données manquantes dans les séquences des nucléotides avant la reconstruction phylogénétique. Proceedings of the 5th meetings of Journées Ouvertes de Bioinformatique et Mathématiques, Montréal, Canada, 2004.
    3. Makarenkov, V., Boc, A. and Diallo, A. B. (2004): Representing lateral gene transfer in species classification. Unique scenario, proceedings of the meeting of the International Federation of Classification Societies 2004, Classification, Clustering, and Data Mining Applications. eds Banks, D., House, L., McMorris, F.R., Arabie, P., Gaul, W., Springer-Verlag, Chicago, 439-447.
    2. Boc, A., Makarenkov, V. and Diallo, A. B. (2004) : Une nouvelle méthode pour la détection de transferts horizontaux de gène : la réconciliation topologique d'arbres de gène et d'espèces. Proceedings of the 5th meetings of Journées Ouvertes de Bioinformatique et Mathématiques, Montréal, Canada, 2004.
    1. Boc, A., Diallo, A. B. and Makarenkov, V. (2003) : Comment détecter le transfert latéral de gènes dans la classification des espèces. Proceeding of the 12th meeting of la Société Francophone de Classification. Neuchâtel, Switzerland, 75-78.

Cours

Direction (Depuis 1990) et d’essais doctoraux (depuis 2014)

  • Remita, Mohamed Amine. (2017). Méthodes et plateformes bioinformatiques basées sur l'apprentissage automatique pour la classification efficace de séquences biologiques. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal. Récupéré d’Archipel, l’archive de publications électroniques de l’UQAM. http://www.archipel.uqam.ca/9851.

  • Aouabed, Zahia. (2016). Méthodes bio-informatiques pour l'analyse des mécanismes moléculaires conduisant à la résistance aux médicaments dans le cancer du sein. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal. Récupéré d’Archipel, l’archive de publications électroniques de l’UQAM. http://www.archipel.uqam.ca/8955.

  • Kiani, Golrokh. (2015). Bioinformatics approach for the identification of fragile regions on the human genome. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal. Récupéré d’Archipel, l’archive de publications électroniques de l’UQAM. http://www.archipel.uqam.ca/8026.

  • Daigle, Bruno. (2013). Méthodes bioinformatiques pour l'évaluation de la classification du virus du papillome humain. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal. Récupéré d’Archipel, l’archive de publications électroniques de l’UQAM. http://www.archipel.uqam.ca/6122.

  • Leclercq, Mickaël. (2012). Identification et caractérisation de microARNs dans les ESTs du blé par des méthodes bioinformatiques. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal. Récupéré d’Archipel, l’archive de publications électroniques de l’UQAM. http://www.archipel.uqam.ca/5089.

Autres directions et supervisions

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Communications

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Services à la collectivité

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