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Fabrice Larribe

Département de mathématiques

Poste : Professeur

Courriel : larribe.fabrice@uqam.ca

Téléphone : (514) 987-3000 poste 3229

Local : PK-5515

Domaines d'expertise

  • Statistique génétique
  • Biostatistique
  • Processus de coalescence
  • Général
  • Enseignement et supervision
  • Publications
  • Communications
  • Réalisations
  • Distinctions
  • Services à la collectivité

Cheminement académique

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Liens d’intérêt

Unités de recherche

Projets de recherche en cours

  • Inférence dans le processus de coalescence avec recombinaison (CRSNG)

    Le processus de coalescence, un processus stochastique à temps continu utilisé pour simuler des généalogies de population, a attiré beaucoup d'attention récemment, en partie dû à ses nombreuses applications dans la recherche génétique. Nous avons développé dans le passé une méthode utilisant le processus de coalescence avec recombinaison (Larribe et al. 2002, Larribe 2004) pour estimer la position d'une mutation génétique causant (ou influençant) une maladie, c'est­à­dire pour faire de la cartographie génétique fine. En utilisant des "fenêtres" de marqueurs génétiques et des vraisemblances composées conditionnelles (Larribe and Lessard, 2008), nous avons permis à la méthode d'utiliser plus de marqueurs génétiques et améliorer la stabilité des estimés. Nous avons amélioré la méthode dans le contexte des maladies génétiques complexes, en développant une méthode pour estimer les haplotypes et les alleles causaux à partir des phénotypes et des génotype (Larribe et al., 2015) ; de plus, la méthode est maintenant à même de prendre en compte des modèles génétiques permettant des phénocopies et de la pénétrance incomplète. Alors qu'il est encore de pratique courante dans le mode génétique d'utiliser pour une seule analyse de cartographie des milliers de statistiques d'association chacune basée sur des paires de marqueurs, ignorant la dépendance des individus et la dépendance spatiale des marqueurs génétiques, notre méthode offre une solution solide pour résoudre les problèmes mentionnés ci dessus. En contraste à d'autres travaux, notre méthode n'est pas basée sur l'association, mais est une méthode de cartographie génétique basée sur le principe de la vraisemblance et permettant de riches modèles génétiques. Le développement de ce programme de recherche va permettre des modèles génétiques plus complexes, comme des interactions entre gènes, et des modèles basés sur l'influence de plusieurs variants rares; on veut aussi être capable de traiter de caractères quantitatifs et de développer la méthode pour que l'on puisse faire de la cartographie à l'échelle du génome. Finalement, pour analyser la très grande quantité de données générées de nos jours par la biologie moléculaire, nous proposons d'utiliser l'expertise que nous possédons avec les vraisemblances composites, combinée à des méthodes innovantes de construction de généalogies. Alors qu'un grand nombre de maladies génétiques sont encore un mystère total pour les généticiens, l'impact du développement de telles méthodes avancées peut être immense pour la recherche médicale.

Partenaires (organismes, entreprises)

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Affiliations externes principales

  • Groupe d'études et de recherche en analyse des décisions (GERAD)
  • Centre de recherches mathématiques (CRM)

Publications

Beaulac, C. et Larribe, F. (2017). Narrow artificial intelligence with machine learning for real-time estimation of a mobile agent's location using Hidden Markov Models. International Journal of Computer Games Technology, 2017, Article ID 4939261. http://dx.doi.org/10.1155/2017/4939261.


Ait Kaci Azzou, S., Larribe, F., Froda, S. (2016). Inferring the demographic history from DNA sequences: an importance sampling approach based on non-homogenous processes. Theoretical Population Biology, 111, 16–27. http://dx.doi.org/10.1016/j.tpb.2016.05.004.


Larribe, F. et Dupont, M.J. (2016). SimHGD: simulate case/control data for Human Genetic Complex Diseases. Bioinformatics.


Ait Kaci Azzou, S., Larribe, F. et Froda, S. (2015). A new method for estimating the demographic history from DNA sequences: an importance sampling approach. Frontiers in genetics: Evolutionary and population genetics, 6(259), 1–13. http://dx.doi.org/10.3389/fgene.2015.00259.


Larribe, F., Boucher, G. et Dupont, M.J. (2015). Simultaneous inference of haplotypes and alleles at a causal gene. Frontiers in Genetics : Statistical Genetics and Methodology, 6(291), 1–13. http://dx.doi.org/10.3389/fgene.2015.00291.


Fillion, M., Lemire, M., Philibert, A., et al. (2013). Toxic risks and nutritional benefits of traditional diet on near visual contrast sensitivity and color vision in the Brazilian Amazon. Neurotoxicology, 37, 173–181. http://dx.doi.org/10.1016/j.neuro.2013.04.010.


Larribe, F. et Fearnhead, P. (2011). On composite likelihoods in statistical genetics. Statistica Sinica, 21(1), 43–69. Récupéré de http://www3.stat.sinica.edu.tw/statistica/j21n1/J21N12/J21N12.html.


Fillion, M., Lemire, M., Philibert, A., et al. (2011). Visual acuity in fish consumers of the Brazilian Amazon: risks and benefits from local diet. Public Health Nutrition, 14(12), 2236–2244. http://dx.doi.org/10.1017/S1368980011001765.


Larribe, F. et Lessard, S. (2008). A Composite-Conditional-Likelihood Approach for Gene Mapping Based on Linkage Disequilibrium in Windows of Markers Loci. Statistical Applications in Genetics and Molecular Biology, 7(1), 1–31. http://dx.doi.org/10.2202/1544-6115.1298.


Baldwin, M., Bouchard, M., Larribe, F. et Mergler, D. (2008). Past Occupational Exposure to Airborne Manganese in a Manganese Alloy Plant. Journal of Occupational and Environmental Hygiene, 5(7), 426–437. http://dx.doi.org/10.1080/15459620802115831.


Passos, C., Mergler, D. et Larribe, F. (2004). Response to "Fruits, fish, and mercury: further considerations". Environmental Research, 96(1), 104–105. http://dx.doi.org/10.1016/j.envres.2004.04.003.


Passos, C.J., Mergler, D., Gaspar, E., et al. (2003). Caracterização geral do consumo alimentar de uma população ribeirinha na Amazônia Brasileira. Revista Saúde e Ambiente, (4), 72–84.


Passos, C.J., Mergler, D., Gaspar, E., et al. (2003). Eating tropical fruit reduces mercury exposure from fish consumption in the Brazilian Amazon. Environmental Research, 93(2), 123–130. http://dx.doi.org/10.1016/S0013-9351(03)00019-7.


Larribe, F., Lessard, S. et Schork, N.J. (2002). Gene mapping via the ancestral recombination graph. Theoretical Population Biology, 62(2), 215–229. http://dx.doi.org/10.1006/tpbi.2002.1601.


Dolbec, J., Mergler, D., Larribe, F., Roulet, M., Lebel, J. et Lucotte, M. (2001). Sequential analysis of hair mercury levels in relation to fish diet of an Amazonian population, Brazil. Science of the Total Environment, 271(1-3), 87–97. http://dx.doi.org/10.1016/S0048-9697(00)00835-4.


Larribe, F. (2012). Modeling the history of a sample of genotypes. Dans Genetic Epidemiology, 36(2), Annual Meeting of The International Genetic Epidemiology Society, Heidelberg, septembre 2011 (p. 170). http://dx.doi.org/10.1002/gepi.21604.
Notes: Abstract


Forest, M., Larribe, F. et Amyot, D. (2010). Adaptation of a fine genetic mapping method using the ARG to polygenic traits. Dans Fifth Annual Canadian Genetic Epidemiology And Statistical Genetics Meeting.


Larribe, F. et Fearnhead, P. (2010). Composite likelihoods in statistical genetics. Dans 73rd Annual Meeting of the Institute Mathematical Statistics.


Dragieva, N. et Larribe, F. (2010). Confidence Interval and Permutation Test in the Context of MapArg Method. Dans Fifth Annual Canadian Genetic Epidemiology And Statistical Genetics Meeting.


Forest, M. et Larribe, F. (2010). Fine Genetic Mapping of Polygenic Traits by the Coalescent Process with Recombination / Cartographe génétique fine de caractères polygéniques par le processus de coalescence avec recombinaison. Dans 38ème congrès annuel de la Société statistique du Canada.


Larribe, F. (2009). Le processus de coalescence: définition, inférence et applications / The coalescent process: definition, inference and applications. Dans 12ème colloque panquébécois.


Larribe, F. et Lessard, S. (2008). A new composite-conditional-likelihood Approach for fine Genetic Mapping. Dans Congrès conjoint de la Société Statistique du Canada et de la Société Française de Statistique.


Larribe, F. (2008). Contrôle dans les études observationnelles. Dans 2ème Congrès francophone sur les troubles musculo-squelettiques.


Larribe, F. et Lessard, S. (2008). Fine genetic mapping via the ARG: a first step towards complex disease. Dans Third Annual Canadian Genetic Epidemiology And Statistical Genetics Meeting.


Dragieva, N. et Larribe, F. (2008). Intervalle de confiance et test de permutation dans le contexte de la méthode MapArg. Dans Congrès conjoint de la Société Statistique du Canada et de la Société Française de Statistique.


Massé, H. et Larribe, F. (2008). Quasi-Exact Estimation in the Coalescent Process. Dans Congrès conjoint de la Société Statistique du Canada et de la Société Française de Statistique.


Larribe, F. (2006). Composite Likelihood in Fine Genetic Mapping. Dans XXIIIrd International Biometric Conference.


Cyrenne, K. et Larribe, F. (2006). Resampling in the ancestral recombination graph. Dans XXIIIrd International Biometric Conference. First Canadian Genetic Epidemiology And Statistical Genetics Workshop.


Larribe, F. et Morgan, K. (2004). Fine linkage disequilibrium mapping using the coalescent with recombination. Dans 54th meeting of the American Society of Human Genetics.


Larribe, F. et Descary, M.H. (2014). DMap: a coalescent methodology for genetic mapping of a complex trait.


Forest, M., Larribe, F. et Amyot, D. (2010). Cartographie génétique de caractère polygénique. ACFAS.


Larribe, F. (2010). Cartographie génétique à l'aide du processus de coalescence. GERAD.


Larribe, F. (2009). Étude du déséquilibre de liason en génétique. Société Statistique de Montréal.


Larribe, F. (2006). Fine mapping with the coalescent with recombination: a composite likelihood approach. Fields Institute.


Cours

Direction (Depuis 1990) et d’essais doctoraux (depuis 2014)

  • Ait Kaci Azzou, Sadoune. (2016). Estimation de l'historique démographique d'une population de virus à partir de séquences d'ADN par la théorie de coalescence. (Thèse de doctorat). Université du Québec à Montréal. Récupéré d’Archipel, l’archive de publications électroniques de l’UQAM. http://www.archipel.uqam.ca/8751.

  • Ziou, Myriam. (2017). Cartographie de caractères polygéniques par le processus de coalescence. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal.

  • Beaulac, Cédric. (2015). Intelligence artificielle avec apprentissage automatique pour l'estimation de la position d'un agent mobile en utilisant les modèles de Markov cachés. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal. Récupéré d’Archipel, l’archive de publications électroniques de l’UQAM. http://www.archipel.uqam.ca/8371.

  • Dupont, Mathieu. (2013). Cartographie génétique fine : évaluation d'une méthode d'estimation des allèles et du modèle de pénétrance. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal. Récupéré d’Archipel, l’archive de publications électroniques de l’UQAM. http://www.archipel.uqam.ca/7748.

  • Descary, Marie-Hélène. (2012). DMAP : une nouvelle méthode de cartographie génétique fine adaptée à des modèles génétiques complexes. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal. Récupéré d’Archipel, l’archive de publications électroniques de l’UQAM. http://www.archipel.uqam.ca/5251.

  • Forest, Marie. (2010). Cartographie génétique fine simultanée de deux gènes. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal. Récupéré d’Archipel, l’archive de publications électroniques de l’UQAM. http://www.archipel.uqam.ca/3419.

  • Boucher, Gabrielle. (2009). Intégration de la réalité diploïde et des modèles de pénétrance à une méthode de cartographie génétique fine. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal. Récupéré d’Archipel, l’archive de publications électroniques de l’UQAM. http://www.archipel.uqam.ca/2358.

  • Vahey, Sarah. (2008). Modélisation des paramètres de pénétrance incomplète et de phénocopie d'une méthode de cartographie fine d'une maladie complexe. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal. Récupéré d’Archipel, l’archive de publications électroniques de l’UQAM. http://www.archipel.uqam.ca/879.

  • Dragieva, Nataliya. (2008). Construction d'un intervalle de confiance par la méthode bootstrap et test de permutation. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal. Récupéré d’Archipel, l’archive de publications électroniques de l’UQAM. http://www.archipel.uqam.ca/953.

  • Massé, Hugues. (2008). Exploration d'une nouvelle méthode d'estimation dans le processus de coalescence avec recombinaison. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal. Récupéré d’Archipel, l’archive de publications électroniques de l’UQAM. http://www.archipel.uqam.ca/1423.

  • Ortiz, Oscar Camilo. (2016). Analyse par grappes de mesures de cytométrie par flux à des fins de caractérisation de patients cancéreux. (Rapport de stage). Université du Québec à Montréal.

Autres directions et supervisions

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Communications

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Réalisations

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Participation à l'édition d'une revue

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Services à la collectivité

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