Abdoulaye Banire Diallo
Professeur
Abdoulaye Banire Diallo
Professeur
Unité : Département d'informatique
Courriel : diallo.abdoulaye@uqam.ca
Téléphone : (514) 987-3000 poste 3914
Local : PK-4535
Langues :
Français, Anglais
Ce professeur désire s'entretenir avec les médias
Domaines d'expertise
Liens d'intérêt
Informations générales
Unités de recherche
- Centre d'excellence en recherche sur les maladies orphelines - Fondation Courtois (CERMO-FC)
- Institut des sciences de l'environnement de l'UQAM (ISE)
Affiliations externes principales
Enseignement
- Séminaire interdisciplinaire de bio-informatique (2025, 2024, 2023, 2020)
- Initiation à la recherche en informatique (2025, 2024)
- Projet technique (2024, 2023)
- Rapport technique (2024, 2023)
- Méthodes d'intelligence artificielle en bioinformat. (2024, 2022, 2021)
- Projet de thèse (2024, 2023, 2021, 2020)
- Stage industriel (2023)
- Bioinformatique des structures (2023)
- Bioinformatique (2022)
- Atelier (2021, 2020)
- Génomique et protéomique (2020)
Réalisations
- Ancestors 1.0 - Pour la reconstruction des génomes ancestraux
- Armadillo 1.1 - Pour les flux de reconstruction phylogénétique
- Castor 1.0 - Platforme pour la classification de séquences virales
- WMP - Wheat microRNA portal
- PGR - Protein Graph Repository
- Mirdup - MicroRNA duplex prediction
- T-Growler - An ontology-based workflow pattern extractor
- ProtNN - protein 3D-structure classification approach
- Galaxy-X - An open set classifier
Distinctions
- Prix d'innovation de l'Adriq
- Next Einstein Forum Fellow (Kigali, 2018)
- Prix Springer - Société Francophone de Classification (Naples, 2008)
- Chikiyo Ayashi Award - International Federation of Classification Societies (Ljubljana, 2006)
- Prix d'excellence en Enseignement (UQAM, Sciences, 2015 )
- Prix meilleur article à Machine learning and Data Mining Conference (New York, 2016)
Directions de thèses et mémoires
Thèses de doctorat
- Remita, Amine. (2024). Approches variationnelles pour l'analyse des séquences génomiques évolutives. (Thèse de doctorat). Université du Québec à Montréal.
- Marcia Soares Almeida, Hayda. (2022). Learning to discover biosynthetic gene clusters in fungi. (Thèse de doctorat). Université du Québec à Montréal.
- Halioui, Ahmed. (2018). Extraction de flux de travaux abstraits à partir des textes : application à la bioinformatique. (Thèse de doctorat). Université du Québec à Montréal.
Mémoires
- Chatou, Mohammed Reda. (2024). Approche d'identification du nombre optimal de clusters dans les algorithmes de regroupement en combinant K-means et des métaheuristiques. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal.
- De Montigny, Nicolas. (2024). Conception d'une méthode d'apprentissage machine pour la détection des microorganismes bactériens à partir de données de séquençages métagénomiques sans procédure d'alignement. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal.
- Balde, Abdourahmane. (2024). Méthode d'extraction de signatures de biomarqueurs métaboliques dans le cadre de prédiction des maladies chez les bovins laitiers. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal.
- Lebatteux, Dylan. (2019). Méthodes efficaces pour l'extraction d'attributs et la classification de séquences génomiques virales basées sur une approche indépendante de l'alignement. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal.
- Belarbi, Faten. (2019). Optimisation des hyperparamètres pour la classification des virus. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal.
- Mbaye, Mouhamadou Moustapha. (2019). Algorithme pour la reconstruction de séquences ancestrales en incluant les événements de transferts horizontaux de gènes. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal.
- Diop, Ndiaye. (2019). Évaluation des méthodes d'analyses d'expression différentielle des petits ARNs. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal.
- Goimard, Jérémy. (2018). Méthodes bio-informatiques basées sur les flux de travaux pour le séquençage à haut débit. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal.
- Wu, Chao Jung. (2018). Une approche distribuée de prédiction et d'analyses de microARNs : cas d'application du blé. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal.
- Remita, Mohamed Amine. (2017). Méthodes et plateformes bioinformatiques basées sur l'apprentissage automatique pour la classification efficace de séquences biologiques. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal.
- Aouabed, Zahia. (2016). Méthodes bio-informatiques pour l'analyse des mécanismes moléculaires conduisant à la résistance aux médicaments dans le cancer du sein. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal.
- Kiani, Golrokh. (2015). Bioinformatics approach for the identification of fragile regions on the human genome. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal.
- Daigle, Bruno. (2013). Méthodes bioinformatiques pour l'évaluation de la classification du virus du papillome humain. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal.
- Leclercq, Mickaël. (2012). Identification et caractérisation de microARNs dans les ESTs du blé par des méthodes bioinformatiques. (Mémoire de maîtrise). Université du Québec à Montréal.
Publications
Articles scientifiques
- Diallo, A.B., Lord, E., Leclercq, M., Boc, A. et Makarenkov, V. (2012). Armadillo, an elegant workflow platform for bioinformatics education and task automation. PLOS One, 7(1).
Obtenir "Armadillo, an elegant workflow platform for bioinformatics education and task automation" aux bibliothèques de l'UQAM
- Diallo, A.B., Horvath, J., Sheedy, C., et al. (2011). Comparative analysis of the primate X inactivation Center Region and Reconstruction of the Ancestral Primate XIST Locus. Genome Research, 21(6), 850–862.
Obtenir "Comparative analysis of the primate X inactivation Center Region and Reconstruction of the Ancestral Primate XIST Locus" aux bibliothèques de l'UQAM
- Badescu, D., Boc, A., Diallo, A.B. et Makarenkov, V. (2011). Detecting genomic regions associated with a disease using variability functions and Adjusted Rand Index. BMC Bioinformatics, 12(9). http://dx.doi.org/10.1186/1471-2105-12-S9-S9.
- Badescu, D., Boc, A., Diallo, A.B. et Makarenkov, V. (2011). Predicting site-specific human selective pressure using evolutionary signatures. Bioinformatics, 27(10-13), i266–i274.
Obtenir "Predicting site-specific human selective pressure using evolutionary signatures" aux bibliothèques de l'UQAM
- Diallo, A.B., Blanchette, M. et Makarenkov, V. (2010). Ancestors 1.0: A web server for ancestral Genome reconstruction. Bioinformatics, 26(1), 130–131.
Obtenir "Ancestors 1.0: A web server for ancestral Genome reconstruction" aux bibliothèques de l'UQAM
- Diallo, A.B., Badescu, D., Blanchette, M. et Makarenkov, V. (2009). A whole genome study and identification of specific carcinogenic regions of the Human Papilloma Viruses. Journal of Computational Biology, 16(10), 1461–1473.
Obtenir "A whole genome study and identification of specific carcinogenic regions of the Human Papilloma Viruses" aux bibliothèques de l'UQAM
- Diallo, A.B., Badescu, D., Blanchette, M. et Makarenkov, V. (2009). Classification of the Human Papilloma Viruses. proceedings of SFC-CLADAG 2008, 8.
Obtenir "Classification of the Human Papilloma Viruses" aux bibliothèques de l'UQAM
- Diallo, A.B., Badescu, D., Makarenkov, V. et Blanchette, M. (2008). An Evolutionary study of the Human Papilloma Viruses. Research in Computational Biology-Comparative Genomics, 128–140.
Obtenir "An Evolutionary study of the Human Papilloma Viruses" aux bibliothèques de l'UQAM
- Diallo, A.B., Makarenkov, V. et Blanchette, M. (2007). Exact and heuristic method to the indels maximum likelihood problem. Journal of Computational Biology, 14(4), 446–461.
Obtenir "Exact and heuristic method to the indels maximum likelihood problem" aux bibliothèques de l'UQAM
- Diallo, A.B., Makarenkov, V. et Lapointe, F.-J. (2006). A new effective method for estimation of missing values in the sequence data prior to phylogenetic analysis. Evolutionary Bioinformatics Online, (2), 127–135.
Obtenir "A new effective method for estimation of missing values in the sequence data prior to phylogenetic analysis" aux bibliothèques de l'UQAM
- Diallo, A.B., Makarenkov, V. et Blanchette, M. (2006). Finding Maximum Likelihood Indel Scenarios. Comparative Genomics, 171–185.
Obtenir "Finding Maximum Likelihood Indel Scenarios" aux bibliothèques de l'UQAM
Chapitres de livre
- Diallo, A.B., Makarenkov, V. et Boc, A. (2008). Algorithms for detecting complete and partial horizontal gene transfers: Theory and practice. Dans P.M. Pardalos et P. Hansen (dir.). Data Mining and Mathematical Programming (45) (p. 159–179).
- Diallo, A.B., Blanchette, M., Green, E.D., Miller, W. et Haussler, D. (2007). Computational reconstruction of ancestral DNA sequences. Dans M.J. Murphy (dir.). Methods in Molecular Biology: Phylogenomics (p. 171–184). Totowa, NJ : Humana Press Inc.
Actes de colloque
- Badescu, D., Diallo, A.B., Makarenkov, V. et Blanchette, M. (2010). Identification of specific genomic regions responsible of the invasivity of Neisseria meningitidis. Dans Actes de l'International Federation of Classification Societies 2009, Dresden, Germany. Springer-verlag.
- Diallo, A.B., Valtchev, P. et Makarenkov, V. (2010). Une approche efficace d'identification et de catégorisation de nouveaux motifs d'évolution dans la famille de mammifère. Dans Actes de la Société Francophone de classification.
- Diallo, A.B., Badescu, D., Makarenkov, V. et Blanchette, M. (2009). Comparison of four discrimination functions for detecting genomic regions responsible for disease and their application to the Neisseria meningitidis data. Dans International Federation of Classification Societies 2009, Dresden, Germany. Springer-verlag.
- Diallo, A.B., Badescu, D., Makarenkov, V. et Blanchette, M. (2008). Phylogeny of the Human Papilloma Viruses and Carcinome classi¿cation. Dans Proceeding of the ¿rst joint meeting of the Classi¿cation and Data analysis Group and the French Classi¿cation Society, Caserta, Italy.
- Nguyen, D., Boc, A., Diallo, A.B. et Makarenkov, V. (2007). Étude de la classification des bactériophages. Dans Proc. of the 13th meeting of the Société Francophone de Classification.
- Diallo, A.B., Makarenkov, V., Blanchette, M. et Lapointe, F.-J. (2006). A new efficient method for assessing missing nucleotides in DNA sequences in the framework of a generic evolutionary model. Dans V. Batagelj, H.H. Bock, A. Ferligoj et A. Ziberna (dir.). Proceedings of the meeting of the International Federation of Classification Societies 2006.
- Diallo, A.B., Diallo, A.B. et Makarenkov, V. (2005). Une nouvelle méthode efficace pour l'estimation des données manquantes en vue de l'inférence phylogénétique. Dans Proceeding of the 12th meeting of Société Francophone de Classification, Montréal, Canada.
- Makarenkov, V., Boc, A. et Diallo, A.B. (2004). Representing lateral gene transfer in species classification. Dans D. Banks, L. House, F.R. McMorris, P. Arabie et W. Gaul (dir.). Unique scenario, proceedings of the meeting of the International Federation of Classification Societies 2004, Classification, Clustering, and Data Mining Applications, Chicago. Springer-Verlag.
- Diallo, A.B., Makarenkov, V., Boc, A. et Lapointe, F.J. (2004). Une nouvelle méthode efficace pour l'estimation des données manquantes dans les séquences des nucléotides avant la reconstruction phylogénétique. Dans Proceedings of the 5th meetings of Journées Ouvertes de Bioinformatique et Mathématiques.
- Diallo, A.B., Makarenkov, V. et Boc, A. (2004). Une nouvelle méthode pour la détection de transferts horizontaux de gène : la réconciliation topologique d'arbres de gène et d'espèces. Dans Proceedings of the 5th meetings of Journées Ouvertes de Bioinformatique et Mathématiques.
- Diallo, A.B., Boc, A. et Makarenkov, V. (2003). Comment détecter le transfert latéral de gènes dans la classification des espèces. Dans Proceeding of the 12th meeting of la Société Francophone de Classification.